Filtered by Flare™

생물학적으로 더 유의미한 도킹 실험을 위해 분자동역학을 이용하여 단백질 conformation들의 앙상블 생성하기

본 사례 연구는 분자동역학(MD)을 이용하여 Flare 앙상블 도킹에 이용할 단백질 conformation들의 앙상블을 생성하는 접근 방법의 유효성을 검증합니다.

“炼金术”自由能计算的最佳实践

摘要 炼金术自由能计算是一种有用的工具，可用来预测与分子从一种环境转移到另一种环境时的自由能差异。该方法的标志是使用“桥接”势能函数，该函数代表了不能作为真实化学物种存在的炼金中间态。从这些桥接的炼金术热力学状态收集的数据允许有效地计算自由转移能量（或转移自由能量之差），而模拟时间要比直接模拟转移过程少几个数量级。尽管该方法很灵活性，但必须注意避免常见的陷阱以确保计算出的自由能差对于选定的力场而言是可靠的且可重现的，并且应包括适当的校正以允许与实验数据直接比较。在本文中，作者回顾了炼金术自由能计算几个流行应用领域的当前最佳实践，包括小分子与生物靶标间的相对和绝对结合自由能计算。

用静电互补性快速、高效地优化配体-蛋白复合物的结合与选择性

英语

BTK共价抑制剂的设计

摘要：已上市的或正在研发中的共价化合物数量表明药物化学重新引起了人们对靶向共价抑制剂的兴趣。 本文以Bruton酪氨酸激酶（BTK）共价抑制剂Evobrutinib[1]的发现为例，演示如何用Flare[2]中的共价对接工作流来帮助进行共价化合物的设计及其优先排序。

RIPK1阻害薬の構造活性相関分析

またこのSAR分析に、Flareのタンパク質相互作用ポテンシャル (PIP) およびElectrostatic Complementarity™ (EC) 静電的相補性マップを組み合わせることにより、リガンド設計においていかに有益な情報が得られるかを示します。

Investigating the SAR of RIPK1 inhibitors

This study shows how the SAR analysis tools in Forge can work in synergy with the Protein Interaction potentials (PIPs) and Electrostatic Complementarity™ (EC) maps in Flare to provide useful ...

基于结构与配体的方法协同研究RIPK1抑制剂的SAR

摘要：从探索化学空间到先导化合物优化，理解结构-活性关系（SAR）是药物发现诸多方面的基础工作。在本算例中，使用Forge的Activity Miner和Activity Atlas两个模块分析一系列苯并噁嗪酮类RIPK1抑制剂的SAR，演示了如何将Forge的SAR分析工具与Flare的蛋白质相互作用势及静电互补性分析协同工作，为配体设计提供了有用的见解。

Streamlining design for covalent inhibitors

The discovery of the covalent inhibitor of Bruton’s Tyrosine Kinase (BTK) Evobrutinib was used as a basis to demonstrate how the covalent docking workflow within Flare™ can aid design and ...

공유 결합 억제제의 효율적인 설계

본 사례에서는 Bruton’s Tyrosine Kinase(BTK) 억제제 Evobrutinib 의 발견을 예로 들어 Flare 의 공유 결합 도킹 워크플로가 공유 결합 화합물의 효율적인 설계 및 우선 순위 매김에 어떻게 활용될 수 있는지 ...

Data-driven estimation of optimally-designed perturbation networks in relative alchemical free energy calculations

Best Practices for Alchemical Free Energy Calculations

Assessment of Binding Affinity via Alchemical Free Energy Calculations