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생물학적으로 더 유의미한 도킹 실험을 위해 분자동역학을 이용하여 단백질 conformation들의 앙상블 생성하기

본 사례 연구는 분자동역학(MD)을 이용하여 Flare 앙상블 도킹에 이용할 단백질 conformation들의 앙상블을 생성하는 접근 방법의 유효성을 검증합니다.

用SPARK™的生物等排体替换来解决代谢稳定性问题

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Addressing metabolic liabilities by bioisosteric replacements with Spark™

Metabolic stability of a compound is a key factor in drug discovery and development. Several compounds with promising pharmacological properties fail to become drugs due to poor metabolic stability profiles. ...

Spark을 이용한 생물 동배체 치환으로 대사 문제를 다루다

Case study | 8 min read

본 사례 연구는 Cresset의 생물 동배체 치환 및 골격 도약(scaffold hopping) 소프트웨어인 Spark를 이용하여 대사 안정성 문제를 다루는 데 있어 생물 동배체 치환이 얼마나 유용할 수 있는지 보여줍니다.

“炼金术”自由能计算的最佳实践

Case study | 4 min read

摘要炼金术自由能计算是一种有用的工具，可用来预测与分子从一种环境转移到另一种环境时的自由能差异。该方法的标志是使用“桥接”势能函数，该函数代表了不能作为真实化学物种存在的炼金中间态。从这些桥接的炼金术热力学状态收集的数据允许有效地计算自由转移能量（或转移自由能量之差），而模拟时间要比直接模拟转移过程少几个数量级。尽管该方法很灵活性，但必须注意避免常见的陷阱以确保计算出的自由能差对于选定的力场而言是可靠的且可重现的，并且应包括适当的校正以允许与实验数据直接比较。在本文中，作者回顾了炼金术自由能计算几个流行应用领域的当前最佳实践，包括小分子与生物靶标间的相对和绝对结合自由能计算。

用静电互补性快速、高效地优化配体-蛋白复合物的结合与选择性

Case study | 3 min read

英语

BTK共价抑制剂的设计

Case study | 3 min read

摘要：已上市的或正在研发中的共价化合物数量表明药物化学重新引起了人们对靶向共价抑制剂的兴趣。本文以Bruton酪氨酸激酶（BTK）共价抑制剂Evobrutinib[1]的发现为例，演示如何用Flare[2]中的共价对接工作流来帮助进行共价化合物的设计及其优先排序。

ペプチド・天然リガンドに基づく新規リード探索

Case study | 2 min read

バーチャルスクリーニングの計画と実施の鍵は、検討中のターゲットのできるだけ多くの情報を活用し、可能な限り広くケミカルスペースを探索し、その結果、購入する化合物を効果的に決定することです。ここでは、FOXOペプチドの代替となる可能性のある低分子化合物を見つける研究事例を取り上げます。そのために、Blaze™によるリガンドベースのバーチャルスクリーニングとFlare™によるタンパク質構造情報を合わせて活用します。

Finding new leads from peptides and natural ligands

Case study | 9 min read

In this study, we used a combination of ligand-based virtual screening with Blaze™ and information about the protein structure from Flare™ to find ligands that could be potentially used as ...

从肽类与天然产物里发现先导化合物

Case study | 2 min read

设计、执行一个成功虚拟筛选的关键是利用所有关于靶标的可用信息，在选择、采购化合物时尽可能多地探索不同的化学空间。在本研究中，我们联合使用了基于配体的虚拟筛选方法Blaze与以及从Flare得到的关于蛋白结构的信息以寻找可能合适作为FOXO-肽模拟物的配体。

펩타이드 및 천연 리간드를 기반한 신규 선도물질의 탐색

Case study | 6 min read

성공적인 가상 스크리닝 계획 및 실시의 열쇠는 구매할 화합물을 효과적으로 결정하기 위해 검토 중인 타 겟에 대한 이용 가능한 모든 정보를 활용하고 가능한 한 다양한 chemical space를 탐색하는 것입니다. 본 ...

RIPK1阻害薬の構造活性相関分析

Case study | 4 min read

またこのSAR分析に、Flareのタンパク質相互作用ポテンシャル (PIP) およびElectrostatic Complementarity™ (EC) 静電的相補性マップを組み合わせることにより、リガンド設計においていかに有益な情報が得られるかを示します。

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