“炼金术”自由能计算的最佳实践
Case study
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摘要 炼金术自由能计算是一种有用的工具,可用来预测与分子从一种环境转移到另一种环境时的自由能差异。该方法的标志是使用“桥接”势能函数,该函数代表了不能作为真实化学物种存在的炼金中间态。从这些桥接的炼金术热力学状态收集的数据允许有效地计算自由转移能量(或转移自由能量之差),而模拟时间要比直接模拟转移过程少几个数量级。尽管该方法很灵活性,但必须注意避免常见的陷阱以确保计算出的自由能差对于选定的力场而言是可靠的且可重现的,并且应包括适当的校正以允许与实验数据直接比较。在本文中,作者回顾了炼金术自由能计算几个流行应用领域的当前最佳实践,包括小分子与生物靶标间的相对和绝对结合自由能计算。