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Spark™を利用して活性部位から新規のリガンド-蛋白質相互作用を見つける

Spark はCresset社の生物学的等価体(Bioisostere)置換およびスキャフォールドホッピングツールですが、新たにドッキング機能が搭載されました。本事例紹介では、GSK-3βの活性部位の構造をもとに、Sparkを利用してリガンド-蛋白質相互作用を作ることのできる代替置換基を直接見つけ、それら置換基をランクづけすることを解説します。

Spark™을 이용한 활성 자리에서 새로운 ligand-protein간 상호작용의 발견

본 사례에서는 Cresset사의 bioisostere 치환 및 scaffold hopping 도구인 Spark의 새로운 docking 기능을 이용하여 GSK-3β의 활성 자리에서 직접적으로 ligand-protein간 상호작용을 할 수 있는 대체 R-group을 발견하고 이들을 서열화 하는 것에 ...

从活性位点里发现新的蛋白-配体相互作用

在本算例中，我们使用Cresset生物等排体替换与骨架跃迁工具SPARK的对接功能，直接从GSK-3β活性位点挑选配体蛋白相互作用可供选择的R-基团替换，并进行优先排序。

Data-driven estimation of optimally-designed perturbation networks in relative alchemical free energy calculations

Best Practices for Alchemical Free Energy Calculations

Assessment of Binding Affinity via Alchemical Free Energy Calculations

3D-QSAR study on JAK inhibitors

196 inhibitors of Janus Kinases JAK1 and JAK2 were used to develop predictive machine learning and Field QSAR models in Forge

JAK 억제제의 3D-QSAR 연구

Forge은 구조-활성 상관(SAR) 및 분자 설계를 위한 Cresset사의 ligand 기반 워크벤치로 Field QSAR 또는 머신 러닝 방법을 통해 신뢰성 및 예측성이 높은 정량적 구조-활성 상관(QSAR) 모델을 구축할 수 있습니다. 공통적인 ...

JAK抑制剂的3D-QSAR研究

196 inhibitors of Janus Kinases JAK1 and JAK2 were used to develop predictive machine learning and Field QSAR models in Forge

JAK阻害薬の3D-QSAR

Forge™ は構造活性相関解析および分子デザインのためのCresset社のリガンドベース中心の創薬支援ソフトウエアです1。Forgeは、Cressetの3D-QSARの実装であるField QSARまたは他の機械学習手法によって、信頼性・予測性の高い定量的構造活性相関(QSAR)モデルを構築します。共通の結合モードをもち適度な結合力または活性値の分布があれば、どのようなデータセットに対しても一定のモデルを構築することができます。この事例紹介では、Janusキナーゼ JAK1およびJAK2阻害活性をもつ196個の分子からなるデータセットを使用し、Forgeによる活性予測機械学習およびField QSARモデルを構築します。QSARモデル情報ツールを使用して予測性能を最大化するモデルを選択し、3D表示でモデルを視覚化してその解釈を支援します。

Automated Assessment of Binding Affinity via Free Energy Perturbation

Developing a Robust Method for Automated Assessment of Binding Affinity via FEP